כוהני בית עלי מתוארים בספר שמואל כמשפחת כוהנים שסרחה והאל הדיח אותם מהכהונה.  שלל מעשיהם הרעים של פינחס וחָפני, בניו של עלי, כוללים למשל חילול המשכן באמצעות ניצול מיני של נשים הבאות למשכן בשילה, מרכזם של כוהני בית עלי. המחבר לא בוחל במילים קשות. הוא קורא להם "בני בלייעל" וביטויים קשים אחרים של השחתה ורוע, שאין רבים כמותם בתיאור החוטאים בכל המקרא. על כן אפשר לומר בסבירות גבוהה למדי שכוהני בית עלי הם לא מי שכתבו את הסיפורים הללו. מדובר במחבר שהשתייך למפלגה המתחרה, כוהני בית צדוק. המחבר מספר על עלי כי בעקבות החטאים הרבים שעשו הוא ובניו, איש האלוהים מודיע לעלי על העונש שאלוהים גוזר עליו, ולפיו שושלתו תיגדע ולא יהיה לה עוד המשך.

אבל מעקב אחר השושלת המודחת בספרי המקרא השונים מראה שהם נשארו בזירה והיוו אופוזיציה קשה ולוחמת לכהונת בית צדוק. בהמשך ספר שמואל נפגוש את אותה משפחת כוהנים מכהנת בעיר הכוהנים נֹב, למרות הדחתה לכאורה בידי האל. המלך שאול מחסל גם את כוהני נֹב, ובכל זאת אביתר הקטן שורד ומכהן בימיו של דוד. בספר מלכים אנחנו נתקלים שוב באביתר, הפעם שלמה מדיח אותו והוא הולך לענתות, מרכזה החדש של המשפחה. המשפחה לא מוותרת ואנחנו מתוודעים בספר מלכים לנביא אחיה השילוני. אומנם העיר שילה שבה חיו עלי ובניו, כבר נחרבה הרבה לפני כן, אך הוא נקרא "השילוני", דבר המצביע על ייחוסו המשפחתי ומעיד על כך שהוא חלק מאותה משפחה. אחיה השילוני הוא מי שמבשר על פירוק ממלכת שלמה והקמתה של ממלכת ישראל על ידי ירבעם בן נבט, שמאמץ אל חיקו את בית הכהונה האופוזיציונרי, שכוהניו מתוארים כמובן, כמו תמיד, כחוטאים גדולים.

חשוב אולי לומר שהם לא נקראים במקרא "כוהני בית עלי". כפי הנראה זה לא היה שמם. אפילו אביתר, שעם קצת עבודת בלשות אפשר להראות שהוא הנכד של הנכד של עלי, גם הוא לא מתואר בשום מקום כאביתר מבית עלי. כפי הנראה הם לא השתמשו בשם הזה אך אפשר לראות שמשפחת הכהונה האופוזיציונרית היא מאותה שושלת כוהנים.